明治二年、当時「松前・蝦夷地」と呼ばれていた北の大地は、明治新政府によって、「北海道」と名づけられた。そして同じ年の九月一日に、明治天皇の詔により、東京・神祇官で「北海道鎮座神祭」を斎行して、北海道の開拓・発展の守護神として、大国魂神・大那牟遅神・少彦名神の三柱の神々（開拓三神）が鎮斎されたのが北海道神宮の創始である。
開拓長官、東久世通禧が神祇官より三柱の御霊代を戴き東京から函館へ、開拓判官、島義勇が御霊代を奉じ札幌へと遷され、明治三年五月に仮社殿が建てられた。そして明治四年に「札幌神社」と社名が定まり、同年九月、円山の現在地に社殿が完成し、遷座祭が行われ鎮座された。
そして昭和三十九年に北海道開拓の礎を築かれた明治天皇を増祀、社名を「北海道神宮」と改称された。北海道の総鎮守として道民に篤く崇敬されている。